Queria saber si conectando dos oficinas mediante VPN puedo ejecutar el Contaplus (version Elite 6.1) de la misma forma que con una red LAN.

Y de poderlo hacer, necesitaria saber si no se pierden paquetes de informacion, si sigue siendo confiable el programa.

El funcionamiento de Contaplus sobre una VPN depende directamente del ancho de banda de la misma.

Haz tus calculos:
En una LAN teneis 10/100 Mb, y una distancia de apenas metros, ahora calcula una VPN típica de 512 Kb, en el mejor de los casos si no está garantizado el ancho de banda. Puedes imaginarte como funcionará si el volumen de datos es elevado.. más bien no funcionará rápido.

Otra posibilidad es utilizar un Windows Server con Remote Access (Escritorio remoto), donde los usuarios se conectan al servidor, con su propio usuario, y realizan las tareas en el servidor, enviandose por la VPN la información de lo que hay en la pantalla del servidor, para que lo vea el usuario. En este caso el programa va tan rápido como el servidor funcione, pero el usuario ve un retardo en su pantalla.

La solución con Terminal Server de Microsoft suele ser la más utilizada, y la más cara tambien, y da buenos resultados.