Consultas, ejercicios y ejemplos de Facturaplus
Deberias explicarnos si tienes la versión Profesional o la Elite. Creo que tienes la Profesional, que solo permite trabajar con UNA sola empresa, por lo que la solución de cambiar el CIF y los contadores es la única salida que te queda, pero claro, pasarás a tener TODAS las facturas con el nuevo CIF.
Prueba a imprimirtelas todas en PDF o Papel (por si necesitas una copia algun dia) y luego a borrarlas del Facturaplus.
Si te pasas a la versión Elite no tendrás esos problemas, pues bastará con que crees una empresa nueva con el nuevo CIF.