Respuesta:

Al marcar Incluir Series de Facturas en el Concepto se modifica el texto que aparece en Contaplus cuando se crea el enlace y se traspasan facturas.

De esta manera, además de mostrar el texto Fac. 123, aparece también la serie A o B delante del número de factura, como Fac. A/123.

Esto solo es útil si trabajas con varias series de facturación, para poder distinguir los asientos de una y otra serie.